关于工程款纠纷诉讼费的计算，其依据是《诉讼费用交纳办法》的规定，与工程款是否已支付完毕无直接关联。根据该办法，工程款纠纷作为财产纠纷案件，其诉讼费用是依据工程款的总价按比例收取的，具体比例遵循《中华人民共和国民事诉讼法》中关于财产案件诉讼费用的分段累计交纳规定。因此，无论工程款是否已支付完毕，诉讼费的计算均基于工程款的总价。
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若工程款纠纷涉及多个合同，诉讼费的计算需分别考虑每个合同的工程款总价。根据《诉讼费用交纳办法》及《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，可先将每个合同的工程款分别计算对应的诉讼费，然后将各合同的诉讼费相加，得出总诉讼费。若合同间存在关联且难以分割计算，则需评估整体工程款后计算诉讼费。
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从法律角度，高效处理工程款纠纷以减少诉讼费的方法包括：1.及时收集并保留相关证据，如合同、发票、验收报告等，以支持诉讼主张；2.尝试通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷，避免进入诉讼程序；3.若进入诉讼，确保诉讼请求明确、合理，避免不必要的诉讼金额增加诉讼费；4.聘请专业律师代理，提高诉讼效率和质量，减少不必要的诉讼环节。