生育津贴和年终奖不会互相抵扣。生育津贴是女性员工因生育离职期间，由国家或单位发放的生活费用，属于法定福利；年终奖则是根据单位业绩和员工表现给予的奖励，两者性质不同，不可相互抵扣。若单位擅自抵扣，可能构成违法行为。若津贴或奖金被非法扣减，应及时咨询律师。
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从法律角度看，生育津贴和年终奖的处理方式主要包括：明确区分两者性质，确保生育津贴依法发放，不受其他福利影响；年终奖则根据单位规定和员工表现决定。选择处理方式时，应了解相关法律法规，确保个人权益不受侵害。若单位规定不明确或存在争议，可咨询法律专业人士。
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在法律角度下，针对生育津贴和年终奖的处理，具体操作如下：1.生育津贴：女性员工在生育期间，应确保单位依法发放生育津贴，不得因其他福利（如年终奖）而抵扣。若单位未依法发放，可申请劳动仲裁或提起诉讼。2.年终奖：单位应依据员工表现及单位业绩决定年终奖的发放。员工应了解单位相关规定，确保个人权益不受侵害。若单位规定不明确或存在争议，可与单位协商解决，必要时可咨询法律专业人士。3.争议处理：若生育津贴和年终奖的发放存在争议，员工应收集相关证据，如工资条、劳动合同等，以便在协商、仲裁或诉讼中维护个人权益。