您在农田种树的行为可能违反了《土地管理法》的相关规定，特别是第三十七条中禁止占用基本农田发展林果业的规定。根据该法及其实施条例，您可能会面临限期恢复耕种、罚款甚至土地被收回等法律后果。因此，建议您尽快与当地政府部门沟通，了解具体的处理方式和期限，并尽快采取措施恢复耕种，以减轻可能的法律后果。
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从法律角度，您应首先确认所种树木的农田是否为基本农田，并了解当地关于农田保护的具体政策和规定。接着，主动与当地政府部门沟通，了解具体的处理方式和期限。如确实存在违法行为，应尽快采取措施恢复耕种，以避免更严重的法律后果。同时，您也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
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如果您想保留这些树，可以尝试以下途径：首先，了解当地是否有将农田转为林地的政策或程序，如果有，您可以申请将农田的土地用途变更为林地；其次，如果农田并非基本农田，且当地政策允许，您可以尝试申请调整土地使用规划，将部分农田用于林业发展。但需注意，这些途径都需要经过严格的审批程序，且不一定能成功。